Has anyone ever successfully tried this?

I have developed and tested my application (VB.Net 2003) on a Windows 2000 server running IIS 5.0 and then web hosted it as a trial using one of the visual studio partners and everything works great, but now it has to go on our corporate server and come to find out that is Unix!

My application starts with a small .exe that when launched brings up a menu that the user will have several options to click on.  Each option would launch a dll assembly when the button is clicked.  All dll's are located in the same web folder as the exe and everything works great.
But when it gets switched over to the Unix server, my exe launches but when I click any button to launch a dll assembly, I get a file not found error even though the dll files are physically there.

Any ideas?
Do I have to deploy from a Windows based server?

Thanks in advance.
Marc